Na época do descobrimento, o Brasil fazia parte integrante do território diocesano de Lisboa e, tal como era governado canonicamente pelos Prelados Lisboetas.  O Papa Júlio, sentindo necessidade da criação da primeira Diocese no Brasil para desligá-la canonicamente de Lisboa, o que foi intermediado por Dom João III, Rei de Portugal, escolheu para a Sé da nova Diocese a cidade do Salvador na Bahia, como era natural, por ser a capital da colônia. O território que hoje é a Arquidiocese de Aracaju fez parte da Arquidiocese de Salvador.

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Com a expansão dos fiéis católicos da Igreja Particular da Bahia, a qual Sergipe estava sob juridição eclesiástica durante três séculos, o 21° Arcebispo de São Salvador da Bahia, Dom Jerônimo Tomé da Silva, em sintonia com a Nunciatura Apostólica do Brasil, promoveu a criação da diocese de Aracaju, junto à Santa Sé Apostólica. E foi assim que no dia 3 de Janeiro de 1910, o Santo Padre Pio  X (Giuseppe Melchiore Satro, hoje São Pio X) gloriosamente reinante, criou a supradida Diocese pela Bula Divina Disponente Clementi, abrangendo todo o Estado de Sergipe. 

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No dia 12 de Maio de 1911, foi eleito pelo mesmo papa Pio X, o primeiro Bispo de Aracaju, Dom José Thomaz Gomes  da Silva, que tomou posse da Diocese em 4 de Dezembro de 1911, quando se deu a instalação da Diocese, sendo sagrada a Catedral a 19 de Novembro do mesmo ano. Realizou seu primeiro pontifical a 8 de Dezembro seguinte, dia de Nossa Senhora da Conceição, padroeira de Aracaju e titular da Diocese. 

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Desde 1913, existe o Seminário Menor, fundando pelo primeiro bispo. O segundo bispo, Dom Fernando Gomes dos Santos, assumiu a direção dos trabalhos da diocese em 1949 e permaneceu aqui até 1957, quando foi transferido para Goiânia/GO. Ele fundou o Seminário Maior de Aracaju, que foi fechado, alguns anos depois. Dom José Vicente Távora, o terceiro bispo assumiu a diocese em 1958 e, após um fecundo pastoreio de doze anos incompletos, faleceu, deixando a sede vacante.

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Aos 30 de abril de 1960, o Papa João XXIII elevou a Diocese à Sede Metropolitana, pela bula "Eclesiarum omnium" sendo Dom Távora o seu primeiro arcebispo. Dom Távora teve por bispo auxiliar Dom Nivaldo Monte (1963-1965) e Dom Luciano Cabral Duarte (1966¬1970). Com a morte de Dom Távora, Dom Luciano Cabral Duarte assumiu a Arquidiocese como pastor próprio. Um de seus mais empenhados trabalhos foi o da reanimação vocacional, reabrindo o Seminário Menor e incentivando a oração pelas vocações. Ele teve por Bispo Auxiliar Dom Edvaldo Gonçalves do Amaral, SDB (1975-1980), Dom Hildebrando Mendes Costa (1981-1986) e Dom João Maria Messi (1988-1995). Em março de 1996, Dom José Palmeira Lessa foi nomeado Arcebispo Coadjutor, dividindo os trabalhos com Dom Luciano, que renunciou aos 26 de agosto de 1998. Automaticamente, Dom Lessa passou a ser o metropolita, em 16 de julho de 2001, recebeu a ajuda de Dom Ducênio Fontes de Matos, como bispo auxiliar (2001 a 2005), sexto bispo auxiliar de nossa arquidiocese e em 1º de abril e 2009 o Papa Bento XVI nomeou como novo Bispo Auxiliar de Aracaju, Dom Henrique Soares da Costa.

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Na manhã do dia 5 de novembro de 2014 foi nomeado pelo Papa Francisco para Arcebispo Coadjutor da Arquidiocese de Aracaju, sendo apresentado à comunidade Arquidiocesana no dia 4 de janeiro de 2015, em missa campal em frente à Catedral Metropolitana de Aracaju.

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Com a renúncia de Dom José Palmeira Lessa, assumiu a titularidade da Arquidiocese de Aracaju, em 18 de janeiro de 2017.